Tổ chức bộ máy của Trung tâm gồm:
- Giám đốc
- Các Phó giám đốc
- Văn phòng
- Phòng Tài chính – Kế toán
- Phòng Hỗ trợ lập nghiệp
- Phòng Kỹ năng, Thể thao và Văn hóa
- Phòng Dịch vụ (bao gồm Trại hè Thanh thiếu nhi tại Đồ Sơn, Hải Phòng)
- Phòng Hợp tác Quốc tế